发根农杆菌K599全基因组序列的测定及其分析文献综述
摘要：发根农杆菌Ri质粒诱发植物细胞大量繁殖，形成发根瘤。它与根癌农杆菌Ti质粒所诱发的冠瘿瘤有相似之处，也有其独特的特征。发根农杆菌是一类宿主范围广泛的G-土壤杆菌。农杆菌在侵染植物后，能够诱导植物产生大量高度分支的不定根，通常称为发根。发根农杆菌侵染植物所产生的发根具有生长速度快、分化程度高、生理生化和遗传性稳定、易于进行操作控制等特点。
关键词：发根农杆菌； DNA； 基因文库
一、前言
发根农杆菌Ri质粒诱发植物细胞大量繁殖，形成发根瘤。它与根癌农杆菌Ti质粒所诱发的冠瘿瘤有相似之处，也有其独特的特征。土壤发根农杆菌( Ag.rhizogenes)是一种侵染性非常广泛的土壤细菌，能侵染几乎所有的双子叶植物和少数单子叶植物而诱发发根瘤。这是由其所携带的Ri质粒(Rootinducingplasmid)所引起的。Ri质粒上含有负责发根瘤自主性生长和冠瘿碱合成的基因。在结构上，与Ti质粒相似，它主要具有Vir区、T-DNA区及其内的冠瘿碱合成功能区等。发根农杆菌感染植物，有时只产生无结构的瘤组织，多数情况下形成大量的毛根。毛根在离体条件下培养，能够再生出完整的植株，这使发根农杆菌在植物转化方面优越于根癌农秆菌。
- 发根农杆菌K599
根瘤菌根从感染位点诱导发根，当在Ri质粒中转移DNA (T-DNA)并将其整合到宿主植物细胞基因组中。黄瓜类型A. rhizogenes K599 (NCPPB2659)具有特别高的诱导毛根的能力。在这里，使用下一代和第三代测序技术，我们做的是组装K599的整个基因组。该基因组为5114385 bp，由一个环状染色体2,622,758个bp，一个线性染色体2,289,334 bp，一个Ri质粒(pRi2659) 202,292 bp。它包含4716个蛋白质编码和70个RNA基因，包括54个trna, 12个rRNAs和4个ncrna。K599的遗传信息显示了噬菌体区域和致病基因的预测，这对DNA转移到宿主植物基因组至关重要。
发根农杆菌是一种致病细菌，细菌的DNA转移到植物基因组的原因毛根病。这是一个重要的工具，工业和研究，因为它有能力生产转基因根和整个有机体。Pablo Pelaacute;ez ,Alejandrina Hernaacute;ndez-Loacute;pez[8]确定了从DNA转移产生的小分子RNA（T-DNA）特征的发根农杆菌在菜豆（Phaseolus vulgaris）发根。不同的丰富的发根农杆菌t-dna-derived小RNAs（艺术特征）属于几个癌基因在发根使用高通量测序检测。最丰富多样的艺术品种21个和22个核苷酸的长度。许多T-DNA编码基因构成phasirna生产位点（PHAs位点）。有趣的是，降解组分析表明，艺术潜在的靶基因RNA的夏枯草。此外，我们发现在发根农杆菌诱导毛状根出现在伤口部位产生愈伤组织低水平的艺术特征。这些结果表明，RNA沉默目标基因从发根农杆菌T-DNA在菜豆发根。因此，在研究中观察到的RNA沉默的作用，有助于我们理解和使用这种独特的植物-细菌相互作用。
- 发根农杆菌K599相关研究
Ri T-DNA rolB基因是发根农杆菌转化植物的决定因子，rolB 基因表达引起转基因植物形成大量毛状根(hairy root)。万小荣, 李玲[1]介绍了近年来rolB基因的位点、表达与调控及Rol B蛋白结构与功能方面的研究进展。
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