1 DNA测序技术的发展
测序技术的历史可以分为三个阶段：第一代测序技术、第二代测序技术和第三代测序技术。
1.1 第一代测序技术
1977年 Maxam和Gilber发明了化学降解法,这标志着第一代测序技术开始出现。1977年12月Frederick Sanger等人研发出了双脱氧链末端终止法，双脱氧链末端终止法又称为Sanger法，直至2007年依然被广泛地使用[1]。另外还有基于荧光标记和Sanger原理的荧光自动测序技术，一起均被称为第一代测序技术。其特点是通量低、成本高、测序准确度高。
1.2 第二代测序技术
随着科学技术的发展，传统的Sanger测序技术已经不能够有效地帮助研究人员解决基因组相关的问题。因此第二代测序技术诞生了，主要包括Roche公司开发的454测序技术、ABI公司开发的Solid测序技术和Illumina公司开发的Solexa测序技术[2]。与第一代测序技术相比，其保存了测序准确度高的优点，同时大大降低了成本，实现了高通量，但其测序数据读长较短。
1.3 第三代测序技术
第二代测序技术在各方面日趋成熟，在日常测序中已经得到了广泛地使用。近些年，第三代测序技术走入人们的视野,主要包括Pacific Biosciences公司的单分子实时(Single Molecule Real Time,简称SMRT)测序技术、Oxford Nanopore Technologies公司的纳米孔单分子测序技术(MinION)和Helicos Biosciences公司的单分子DNA测序(True single molecular sequencing，简称tSMS)技术[3]。第三代测序技术的优点有高通量、速度快、读长长和低成本，但其错误率较高，比如PacBio reads错误率高达15%[4]。
2 第三代测序技术在全转录组测序中的应用
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